Wariant PRESTIŻ programu WAPRO KAPER skierowany jest dla przedsiębiorstw handlowych, usługowych lub produkcyjnych. Zgodnie z warunkami licencji pozwala na obsługę do trzech oddziałów firmy jeśli posiadają ten sam numer NIP lub trzech firm, jeśli każda z nich ma wykupioną oddzielną licencję. Program może być zainstalowany na wielu stanowiskach, możemy również utworzyć dowolną liczbę użytkowników programu. Wariant ten posiada wszystkie funkcjonalności wariantu BIZNES, a odróżnia go od tego wariantu posiadanie modułu WAPRO PPK przeznaczonego do obsługi programu Pracowniczych Planów Kapitałowych w firmach, a także możliwość eksportu danych do arkusza kalkulacyjnego i możliwość dowolnej konfiguracji użytkowników programu.

Program nie jest objęty promocją 25% zniżki na pierwszy zakup oprogramowania Wapro.